L’articolo 5 disciplina le buone pratiche clinico-assistenziali e le raccomandazioni previste dalle linee guida prevedendo che gli esercenti le professioni sanitarie nell’esecuzione delle prestazioni sanitarie con finalità preventive, diagnostiche, terapeutiche e riabilitative si attengono, salve le specificità del caso concreto, alle buone pratiche clinico-assistenziali  ed alle raccomandazioni previste dalle linee guida indicate dalle società scientifiche e dagli istituti di ricerca individuati con decreto del Ministro della salute e iscritti in apposito elenco istituito con il medesimo decreto da emanarsi entro un anno dall’entrata in vigore della legge. Le linee guida sono pubblicate contestualmente per i singoli settori di specializzazione dal Ministro della salute, entro due anni dall’entrata in vigore della legge secondo modalità stabilite dal decreto citato e sono periodicamente aggiornate. Viene poi dettata una norma transitoria diretta a stabilire che l’articolo 3 del D.L. 158/29012 continua ad applicarsi sino alla pubblicazione delle linee guida sopracitate e per quei settori per i quali non esistono linee guida pubblicate.