Tutta Yamaha la prima fila del gran premio di Malesia di MotoGP sulla pista di Sepang, con le due Petronas di Quartararo e Morbidelli divise tra loro dalla moto ufficiale di Vinales.
Il tempo di Quartararo, con l' 1'58.303 che gli ha permesso di stabilire il nuovo record della pista, è di solo 1 decimo più veloce di quello fatto registrare dagli altri due piloti.
E la prova di Quartararo è stata pure "ostacolata" dal fatto di avere Marquez alle costole. Il pilota della Honda, infatti, nel tentativo di prendere la scia di Quartararo per farsi "rimorchiare" e mettere così a segno il miglior tempo, ha praticamente marcato il pilota francese come un'ombra, finché non ha perso il controllo della sua moto alla curva 2, col risultato di finire per terra, rovinare la qualifica ed accontentarsi dell'11.esima posizione in griglia.
La seconda fila vede sulla prima casella disponibile la Pramac di Jack Miller, seguita dalla Honda del team LCR di Cal Crutchlow e dalla M1 di Valentino Rossi, sesto a 7 decimi da Quartararo.
Settimo posto per Alex Rins (Suzuki), affiancato dalla prima Ducati ufficiale in griglia, quella di Danilo Petrucci, seguito da Johann Zarco (LCR Honda) e Andrea Dovizioso, con il 10° tempo di qualifica. A chiudere la quarta fila, dopo Dovizioso e Marquez, troviamo Pecco Bagnaia con l'altra Pramac.