La gara di Brno è iniziata nelle peggiori condizioni possibili dal punto di vista climatico: pista bagnata e cielo "incerto", tanto da far scegliere alla maggior parte dei piloti di montare gomme da bagnato con mescola media. Ma quando la gara prende il via, il sole inizia a risplendere e la pista si asciuga in fretta.

I tecnici al box Repsol Honda sono i più veloci a capire la situazione e decidono di richiamare ai box i loro piloti un giro prima rispetto agli avversari. È la scelta vincente che porta Marc Marquez a vincere la gara e Dani Pedrosa, suo compagno di squadra, ad arrivare secondo. Seguono sul traguartdo le due Yamaha ufficiali. Più indietro le due Ducati di Borgo Panigale. Questo, in sintesi, il riassunto del gran premio della Repubbica Ceca di MotoGP.

Al momento del via Marquez parte bene, ma subisce subito l’attacco di Lorenzo e a poco a poco comincia inesorabilmete a perdere posizioni, tanto da tentare la carta del cambio moto al secondo giro, giocando d’anticipo rispetto agli avversari e tentando il tutto per tutto montando le gomme da asciutto.

La mossa è vincente che gli consente di prendere il comando con gli altri piloti che con le gomme da pioggia sembrano quasi andare a spasso invece che correre un gran premio. Alla fine della gara Marquez vince, conquistando il terzo successo stagionale con oltre 12 secondi su Pedrosa e quasi 20 su Viñales, giunto sul terzo gradino del podio, nonostante occupasse la settima posizione al via.

Valentino Rossi, dopo un ottimo avvio, è uno degli ultimi ad effettuare il cambio gomme, insieme ad Andrea Dovizioso (Ducati Team). Il Dottore si ritrova così in fondo al gruppo e deve iniziare una incredibile rimonta che lo porta a raggiugere la quarta posizione, dopo due difficili sorpassi, negli ultimissimi giri, su Cal Crutchlow (LCR Honda) arrivato quinto e Danilo Petrucci (OCTO Pramac) giunto settimo, dopo esser stato superato da Andrea Dovizioso.

Jorge Lorenzo (Ducati Team), autore di una partenza fulminea, finisce la gara solo al quindicesino posto.

Marquez è sempre più leader del campionato con 154 punti, davanti a Viñales con 140 e Dovizioso con 133. Rossi e Pedrosa sono quarto e quinto, rispettivamente, con 132 e 123 punti.