I dinoflagellati hanno due flagelli. Uno è attaccato quasi alla metà del corpo, è posteriore ed è accolto in un solco denominato sulcus. Il secondo è trasversale e giace anche esso in un solco, il cingulum. Il flagello trasversale consente movimenti rotatori mentre il primo permette l’avanzamento. Questi organismi sono dotati di un vacuolo contrattile, detto pusula, che si schiude alla base dei due flagelli.