A Motegi, Marquez vince e conquista il suo quinto titolo mondiale per le cadute di Rossi, prima, e Lorenzo, dopo.  Valentino Rossi ha faticato al via ed ha accumultao un ritardo di circa un secondo su Marquez che, dopo aver passato Lorenzo si era portato al comando della gara. Quel ritardo, dovuto alla difficoltà di superare il suo compagno di squadra, ha forse fatto forzare il ritmo di gara a Rossi provocandone la caduta.

Per Rossi vi è una normale delusione, ma più per non esser riuscito a conludere la gara dove aveva discrete possibilità di giocarsi la vittoria fino alla fine, più che riguardo al titolo iridato per il quale - ha detto - di non essere mai stato veramente in corsa. Adesso, tutte le energie saranno indirizzate alla conquista del secondo posto.

Lorenzo avrebbe potuto avvantaggiarsi dalla caduta di Rossi, ma anche lui è caduto, perdendo una grossa opportunità per la lotta al secondo gradino del podio. La colpa? Delle gomme, che lo hanno penalizzato per tutta la stagione. Ancora una volta - sempre secondo le parole di Lorenzo - la scelta fatta è stata sbgliata non prediligendo quelle morbide,  più adatte al suo stile di guida.

Marquez ha vinto, viva Marquez. Una vittoria che vale doppio, poiché permette al pilota spagnolo di conquistare il suo quinto titolo iridato. Rispetto al passato, quest'anno Marquez ha vinto, ma non stravinto. Le sue scelte di gara sono state quelle di un ragioniere che ha pensato fosse più importante portare a casa dei punti piuttosto che arrivare primo sul podio. Questo, anche grazie alle cadute degli avversari, tre finora quelle di Rossi in questa stagione, gli hanno permesso di vincere senza aver bisogno di "strafare" come accaduto in passato.
«L'anno scorso ho perso un campionato perché esageravo con il mio stile di guida. Quest'anno, invece, ho cambiato, perché non aveva senso rischiare così tanto. È andata bene.» Questo è stato il commento di Marc Marquez.

Questa la classifica finale, per le prime posizioni, del gran Premio del Giappone 2016:

1 Marc MARQUEZ, Honda, 42'34.610
2 Andrea DOVIZIOSO, Ducati, +2.992
3 Maverick VIÑALES, Suzuki, +4.104
4 Aleix ESPARGARO, Suzuki, +4.726
5 Cal CRUTCHLOW, Honda, +15.049
6 Pol ESPARGARO, Yamaha, +19.654

Questa, invece, la classifica per il titolo iridato a tre gare dalla fine, dove rimane la lotta solo per il secondo e terzo posto:

1 Marc MARQUEZ, Honda, Spagna, 273, CAMPIONE DEL MONDO
2 Valentino ROSSI, Yamaha, Italia, 196
3 Jorge LORENZO, Yamaha, Spagna, 182
4 Maverick VIÑALES, Suzuki, Spagna, 165
5 Dani PEDROSA, Honda, Spagna, 155
6 Andrea DOVIZIOSO, Ducati, Italia, 124