Dal 2000 al 2006 Claudio Gentile è stato Commissario Tecnico della Nazionale italiana Under 21, alla guida della quale ha conquistato l'Europeo 2004 in Germania. Poi, dal 2006, Gentile, sostituito all'epoca da Pierluigi Casiraghi per volere del Commissario Straordinario della F.I.G.C., Guido Rossi, non ha più allenato alcuna selezione o squadra di club.